Câu chuyện diễn ra nửa năm sau khi sự kiện Wars Divine kết thúc, chính quyền liên minh Trái Đất phải đối mặt với phiến quân Divine Crusaders và chủng tộc ngoài hành tinh Aerogators. Khi cuộc đấu tranh vẫn tiếp tục chống lại tàn dư của phiến quân Divine Crusader, một mối đe dọa mới từ chủng tộc ngoài hành tinh đến gần.
Câu chuyện sẽ tập trung vào Hana, con trai của You và Anna. The story will center on You and Annas son, Hana.
Phần tiếp theo của seri Last Exile nổi đình nổi đám từ 2003, ai là fan của bộ này hẳn không thể bỏ qua được. 2 nhân vật chính của phần này là Fam và Giselle, 2 nữ phi công của chiếc Vespa và là thành viên của nhóm Sky Pirates. Ngoài ra trong nhóm này còn có Dio, 1 nhân vật từ Last Exile phần đầu.
Trong tương lai xa, loài người bị đẩy vào thế giới sâu thẳm dưới lòng đất gọi là Labyrinth và họ đang sống kề vai nhau. Mê cung có một số thuộc địa với môi trường khắc nghiệt chẳng hạn như một thuộc địa có nhiệt độ cực cao, trong khi một thuộc địa khác chứa đầy vàng và bạc.
Để đi xác minh xem điều này có thật hay không, Yuuto Suoh và cô bạn thời thơ ấu Mitsuki Shimoya đã đi đến ngôi đền ấy. Khi Yuuto đứng trước cái gương thần, cậu dùng điện thoại chụp một tấm hình, và ngay lập tức, cậu bị đưa sang một thế giới khác - một thế giới chứa đựng những bí ẩn của thần thoại Bắc Âu.