Các quốc gia trên toàn thế giới thành lập một liên minh để chống lại kẻ thù mới nổi của nhân loại Neuroi, kẻ mà chỉ những cô gái có sức mạnh đặc biệt mới có thể chống lại. Tuy nhiên, Neuroi không bao giờ xuất hiện. Thay vì chiến đấu, các phù thủy dành cả ngày nhàn rỗi.
Masaru, học sinh năm hai của một trường trung học. Là một chiến binh đường phố bất khả chiến bại nhưng đang học ý nghĩa " làm việc theo nhóm". Sau khi trốn khỏi DATs, một tổ chức chuyên bắt Digimon gây rối. Agumon đã có một trận đánh với Masaru. Ngay lúc đó Yoshino cùng Lalamon đã đến chụp cỗ Agumon, và Masaru và Agumon đã trốn thoát. Ngay lúc đó có một Digimon tà ác xuất hiện và họ đã đánh bại nó bằng sự tiến hóa. Sau đó Masaru đã gia nhập DATs để ngăn cản Digimon đến Trái Đất. Cùng với sự
Flute là một cô gái sống tại làng nhỏ Staccato vương quốc Sforzando, cho đến khi bức tường của Nữ hoàng Horn bị phá hủy, Flute biết cô là con gái của nữ hoàng . Để bảo vệ thế giới khỏi sự đe dọa của binh đoàn Ma Quỷ, cô phải đi đến Sforzando với người bạn thời thơ ấu bí ẩn của cô, Hamel, người vẫn còn phải tìm hiểu sự thật về di vật mẹ mình để lại.
Đầu tiên, một con tàu ngoài hành tinh kỳ lạ xuất hiện ở Tokyo, và sau đó một học sinh mới chuyển đến trường bí ẩn với một bộ đồng phục cổ điển. Tên của cậu là Muryou, và khi cậu ta đến, mọi thứ bắt đầu thay đổi.
bối cảnh trong cùng một thế giới giả tưởng với bộ light novel Zero Kara Hajimeru Mahō no Sho của Kobashiri (Grimoire of Zero), hiện đang yên bình sau cuộc xung đột giữa nhà thờ và phù thủy trong 500 năm. Tuy nhiên, than hồng chiến tranh vẫn cháy ở một số khu vực trên thế giới. Câu chuyện xoay quanh Cervil