Clasu Valca từ thế giới của Prester, nơi mà cậu và người bạn thân lâu năm Lavie Head sống và làm việc như phát thư viên trên bầu trời. Họ cùng nhau mơ về 1 ngày sẽ thực hiện 1 sứ mệnh mà cha của họ đã không thể hoàn thành được - đó là bay xuyên qua 1 nơi nguy hiểm trải dài nổi tiếng được biết đến với cái tên Grand Stream.
Năm 2312 A.D. Bốn năm kể từ cuộc chiến cuối cùng của Celestial Being và Quân đội UN. Sau khi thiết lập một Tổ chức Liên Minh Toàn Cầu, một đội quân mang tên Arrows đã xuất hiện và hoạt động độc lập với Liên Minh Toàn Cầu, nhằm thúc đẩy việc hợp nhất nhân loại. Nhưng sự thật đằng sau việc hợp nhất ấy là sự đàn áp dã man những người chống đối chính phủ, các học thuyết gia và lý luận gia. Setsuna F. Seiei, sau khi thoát chết trong trận chiến bốn năm về trước, đã quay lại và tiếp tục chiến đấu cùng
Vào năm 1973, cuộc xâm lược ngoài hành tinh của đội quân BETA đã đưa nền văn minh của loài người đến bờ vực của sự diệt vong.Để đối phó với lực lượng hùng hậu của kẻ địch, loài người đã tạo ra một loại vũ khí khổng lồ mang dáng dấp con người, có tên gọi là Tactical Surface Fighters (TSF) và triển khai tuyến phòng thủ trên toàn thế giới. Vào năm 2001, Đế quốc Nhật Bản phải đối mặt với những khó khăn trong việc phát triển các TSF thế hệ mới, vì phần lớn các TSF đang phòng thủ cho tiền tuyến vùng
Phần 4 của bộ phim. Sau hơn 150 năm rơi vào bế tắc giữ hai siêu cường liên sao, Đế Quốc Ngân Hà và Liên Minh Các Tiểu Hành Tinh Tự Do, một thế hệ lãnh đạo mới đã xuất hiện: Thiên tài quân sự Reinhard von Lohengramm của phe Đế Quốc, và nhà sử học của phe Liên Minh, Yang Wen-li.
Trong năm 2072, các vấn đề năng lượng của thế giới dường như được giải quyết bởi một mạng lưới các đường truyền điện trường inductors- "coils" - năng lượng dường như vô hạn.