Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.
Joe Higan là một Nukenin - một cựu ninja đã trốn thoát khỏi gia tộc của mình và đang trốn tránh quá khứ bạo lực của mình ở vùng nông thôn nước Mỹ cùng gia đình. Một đêm nọ, anh bị phục kích bởi một nhóm sát thủ từ tổ chức cũ của anh
Nhiếp ảnh gia tự do Kouya Madoka đang rơi vào tình trạng suy thoái vì một lý do nào đó. Khi đang thực hiện một câu chuyện tại Đường đua quốc tế Fuji, anh gặp tay đua F4 thời trung học Haruka Asahina và anh đột nhiên thấy tim mình đập loạn nhịp một lần nữa.
Dựa theo Nitro+ visual novel Phantom of Inferno. Tại thế giới ngầm bên Mỹ, hàng loạt tên trùm các băng Mafia lần lượt bị ám sát, có tin đồn đó là do một tổ chức mang tên "Inferno" gây ra với các sát thủ mang biệt danh "Phantom". Một chàng trai trẻ người Nhật đang đi du lịch bên Mỹ tình cờ chứng kiến một vụ thảm sát, đáng lẽ sẽ bị bịt miệng nhưng lại trở thành một "Phantom" phục vụ cho tổ chức Inferno...
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.