Câu chuyện bắt đầu khi cậu bé Shindou Hikaru tình cờ đến nhà ông nội và bắt gặp 1 chiếc bàn cờ vây cổ, không ai nhìn thấy vết máu trên bàn cờ ngoài cậu. Sau đó, cậu đã gặp Fujiwara no Sai, 1 kỳ thủ cờ vây đến từ thời đại Heian, vốn là 1 người dạy cờ vây cho nhà vua, nhưng bị 1 người dạy cờ khác ganh ghét hãm hại, nên bị đuổi khỏi thành.
Vào một ngày định mệnh, toàn thể nhân loại đã bị hoá thành đá bởi một tia sáng kì lạ. Nhiều thiên niên kỷ trôi qua, cậu học sinh trung học Taiju đã thức tỉnh, đập vỡ lớp đá kia và bước ra khỏi thế giới bên ngoài. Trước mắt cậu là hàng loạt những pho tượng đá của nhiều người. Tuy nhiên, cậu không một mình
Chuyện kể về Elk, thợ săn tiền thưởng trong một số thế giới cực kỳ hiện đại ,kỳ lạ.
Tantei gakuen Q gồm có 5 nhân vật chính, là 5 học sinh của lớp đặc biệt học viện thám tử Q, ko chỉ là bạn học mà còn là đối thủ trên con đường giành quyền trở thành người kế thừa của thầy Dan - thám tử huyền thoại nổi tiếng và dồng thời cũng sáng lập ra học viện. Được nhận vào học viện là những tài năng với các năng lực đặc biệt: - Kyuu: Nhạy bén, có khả năng phán đoán và tố chất bẩm sinh làm một nhà thám tử. - Megu: cô gái có thể nhớ như in tất cả những gì mình đã nhìn thấy, dù chỉ là liếc sơ
Mất đi trí nhớ của mình sau khi chuyển sinh, tấm màn trong câu chuyện của Kelvin trong thế giới mới được hé mở.