Gundam Breaker Battlogue Project hướng tới củng cố mối liên kết giữa series game Gundam Breaker và các mẫu ráp hình Gundam (gunpla). Các Mobile Suit với thiết kế mới này sẽ xuất hiện trong cả game lẫn ngoài đời thực (mô hình gunpla).
Kokonose Chuta "lẩm bẩm" không có nhiều bạn bè, mà thực ra, ngoại trừ người thân thì người duy nhất cậu nói chuyện là giọng nói trong đầu cậu. Dần dần thì cậu cũng nhận ra không phải cậu bị điên, chỉ là có một người ngoài hành tinh sống trong cơ thể cậu.
Shinjiro Hayata, con trai của Shin Hayata, người đầu tiên là Ultraman, có sức mạnh đặc biệt tự nhiên. Một ngày nọ, Shinjiro bị tấn công bởi những kẻ thù vô danh. Ultraman đã cứu ngày hôm đó, và lột mặt mình để cho Shinjiro biết rằng anh ta là cha mình.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính mang mặt nạ tên Hakuoro, người được tìm thấy bởi 2 chị em (Eruru và Aruru) và bà Tusukuru. Anh ta bị thương nặng và rơi vào trạng thái mất trí nhớ. Cho nên bọn họ đem anh về nhà và cố gắng chữa trị.
Tỉnh dậy ở thế giới mới với trang bị full giáp full vũ khí, Cuộc đời tiếp theo của cậu tưởng chừng sẽ rất sung sướng nhưng đời chẳng như mơ, cậu được tặng kèm 1 thân hình "Skeleton" với khuôn mặt Ngáo. Trên đường đi tìm thuốc giải cho cơ thể mình, cậu thu phục được 1 con pet và hợp tác với một cô nàng Dark Elf xinh đẹp.