Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Noya Itsuki bắt đầu năm học mới ở trường cấp 3 Ebisugawa High School. Từ nhỏ đã có tình yêu với khám phá vũ trụ nên cậu quyết định gia nhập 1 CLB về thiên văn học…nhưng số trời đã định, cậu lại rơi vào hang ổ của 1 nhóm otaku nữ mà cậu ko hề muốn. Diễn biến thế nào mời các bạn xem phim sẽ rõ.
Nhóm "Colors" là ba cô bé vui chơi cùng nhau, và các cô sẽ bảo vệ hòa bình cho thành phố của các cô. Bọn họ rất vui khi chơi cùng nhau, họ cùng nhau chơi game, giải đố, và đi vườn thú. Câu chuyện kể về cuộc sống thường nhật vui vẻ của các cô.
Vào cuối học kỳ thứ hai của năm thứ ba của trường trung học, bốn sinh viên đang chuẩn bị tốt nghiệp và cảm thấy cuộc sống trung học của họ sắp hết. Nhưng điều đó thay đổi một chút với sự xuất hiện của một sinh viên chuyển trường
Main nam trong câu chuyện của chúng ta tên Koutarou, do "nhà hoàn cảnh" nên được sống free trong một căn hộ nhỏ với số tiền 5000 yên 1 tháng (tức khoảng 1 triệu VND). Tuy vậy đây là một căn nhà ma bị ám bởi một bé ma dễ thương. Việc ngày ngày bé quyến rũ anh main khiến hàng xóm của anh là một cô gái phép thuật (tự xưng) bay vào đòi "giải cứu", và ngày tháng đầy "sóng gió" của anh main bắt đầu