Từ khi thơ ấu, Tadahiro Amatsu có hai mắt màu khác nhau . Cũng vì bí mật ở con mắt trái nên cậut trở thành mục tiêu của những kẻ xấu. Cậu được bảo vệ bởi 4 cô gái ở đền thờ Sương Mai.
Sakurai Yuki là một cậu bé bí ẩn có năng lực đặc biệt. Khi còn bé, cậu đc mọi ngừơi phát hiện bị bỏ rơi ở gần 1 bụi cây và đc nhận nuôi bởi Viện mồ côi. Vì thế, Yuki tỏ vẻ độc lập và ko muốn là gánh nặng của bất cứ ai.Năng lực của cậu có thể giúp cậu biết đc cảm xúc của người mà cậu chạm vào. Và ko thể điều khiển khả năng của mình, cậu đã khiến nhiều người bị tổn thương trong quá khứ. Với những gánh nặng và khả năng ấy, Yuki sẽ xử trí ra sao khi một người đàn ông tự nhận là anh trai cậu xuất
Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Umakai Shintaro, một nhà ngoại giao Nga gốc Nhật, đã bỏ việc và đi đến Sapporo để dạy tại một Học viện nữ sinh. Nhưng Học viện đó không nằm ở nơi bình thường mà ở trên một con tàu chiến gọi là Amanohara. Và năm cô gái Shintaro dạy nằm trong đơn vị tên là Raimu. Các cô gái hỗ trợ cho nhau và triệu hồi những thứ kì lạ
Câu chuyện xoay quanh hai anh em nhà Elric, Edward và Alphonse. Cha của Ed và Al đã bỏ nhà để theo đuổi giả kim thuật từ khi hai người còn rất nhỏ, vì thế đối với cả hai anh em thì mẹ là gia đình duy nhất. Khi mẹ mất – lúc Ed chỉ mới 10 tuổi và Al 9 tuổi – hai anh em đã phạm vào điều cấm kị khi quyết định hồi sinh mẹ bằng giả kim thuật.