Lấy bối cảnh sau khi cả thế giới bị tàn phá bởi chiến tranh hạt nhân, dưới sự cai trị tàn bạo của Đế Chế Thế Giới, người dân bị đàn áp vô cùng tàn bạo. Một nhóm quân kháng chiến đã âm thầm chiến đấu nhằm đập tan ách thống trị của Đế Quốc trong khi tất mọi người đều bị cấm vũ trang.
câu lạc bộ lặn Mizuki (MDC) đang sắp sửa đóng cửa sau khi gặp rắc rối về tài chính. Huấn luyện viên mới của câu lạc bộ thuyết phục công ty mẹ của câu lạc bộ vẫn duy trì điều kiện: câu lạc bộ gửi một trong số các thành viên của mình tới các môn thể thao Olympic vào năm tới như một phần của đội Olympic.
Câu chuyện diễn ra tại học viện tư thục Buou -một học viện lớn án ngự dưới chân núi Phú Sỹ linh thiêng do gia tộc Tokugawa lập nên. Học viên của trường đều là con cháu-họ hàng của các gia tộc samurai và được đào tạo -huấn luyện các kỹ năng chiến đấu và tư tưởng Mạc Phủ để phục vụ cho Đại Nhật Bản sau khi tốt nghiệp .
Tỉnh dậy ở thế giới mới với trang bị full giáp full vũ khí, Cuộc đời tiếp theo của cậu tưởng chừng sẽ rất sung sướng nhưng đời chẳng như mơ, cậu được tặng kèm 1 thân hình "Skeleton" với khuôn mặt Ngáo. Trên đường đi tìm thuốc giải cho cơ thể mình, cậu thu phục được 1 con pet và hợp tác với một cô nàng Dark Elf xinh đẹp.
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên