Anime Halo có cốt truyện xoay quanh vị chỉ huy kiệt xuất - anh hùng Master Chief (một chiến binh đã được cải tiến gien nhờ khoa học công nghệ giúp anh có thể sử dụng mọi vũ khí tối tân và đủ trí lực đánh bại kẻ thù ngoài hành tinh Covenants) cùng các đồng đội trong tiểu đoàn thiện chiến SPARTAN, đại diện cho khối liên minh UNSC chống lại thế lực của tộc người ngoài hành tinh Covenants hung bạo
Câu chuyện nói về Nyaruko, một vị thần hỗn mang bất thể, đã biến mình thành 1 cô gái tóc bạc ngây thơ bình thường.Mahiro Yasaka là 1 học sinh cao trung bình thường, cho đến 1 ngày bình thường kia cậu bị truy đuổi bởi người ngoài hành tinh và được Nyaruko cứu.
Akiyuki sống tại đảo Sentan(kết thúc) có được sự tự do và hòa bình dù trong chiến tranh của Chính phủ miền Bắc và Nam. Nhưng mọi thứ thay đổi khi Akiyuki đi xe buýt cùng một cô gái tóc trắng bí ẩn đã biến đổi cánh tay Akiyuki cùng với kí ức bị mất và trở thành Xamd.
7 triệu năm lịch sử của loài người đang đứng trước thời khắc kết thúc dưới bàn tay của thần thánh. Để ngăn cản điều này, Valkyrie quyết định đề xuất cho loài người một cơ hội chống lại quyết định của thần thánh. Một cuộc chiến giữa 13 con người mạnh nhất và 13 vị thần mạnh nhất mang tên Ragnarok để giành lấy quyền tồn vong của nhân loại.
Năm 1972, con người đã phát hiện ra một cổng dịch chuyển trên mặt trăng, nhờ đó đã có thể đi lại dễ dàng và phát triển một xã hội mới trên Sao Hỏa. Nhưng cũng từ đây chính là nguồn cơn tạo nên cuộc chiến tranh giữa hai hành tinh