Paradigm City, một thành phố của sự mất trí nhớ và một nơi thuộc về. Nó vẫn còn lưu hành bởi quá khứ lãng quên và tàn tích của người lao động của họ do thiên tai 40 năm trước đây. Bị che đậy trong một bí ẩn giống như sương mù, nó giống với những người như Roger Smith chiếu sáng qua sương mù.
Cafe Kuronekotei là một quán cà phê nằm ở một góc của quận 5 của Cố đô. Những cô gái làm việc ở đó là những con búp bê cơ khí tự động (automata), đỉnh cao của công nghệ hiện đại. Chúng được tạo ra để làm vũ khí chiến đấu trong cuộc đại chiến, nhưng chiến tranh giờ đã kết thúc.
Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
"Không ai biết câu chuyện về cô gái mà mọi người đều biết." Numazu là một thị trấn cảng tuyệt đẹp được bao quanh bởi núi và biển. Yohane, một cô gái đã phải vật lộn để hòa nhập với môi trường xung quanh từ khi còn nhỏ, dành cả ngày để trốn tránh mọi người trong thành phố.
Trong tương lai, các cuộc thi đấu với người chơi sử dụng các mô hình nhựa Gundam (GunPla) trở nên rất được ưa chuộng. Nhân vật chính Sei Iori rất giỏi lắp các mô hình GunPla nhưng không có kinh nghiệm thi đấu phải kết bạn với Reiji, một đấu thủ nhiều kinh nghiệm, để thắng giải vô địch GunPla quốc tế.