Lấy bối cảnh thế giới nơi nhân loại mất quyền kiểm soát đại dương vào tay "hạm đội biển sâu", hi vọng duy nhất chống lại hiểm họa này là những Kanmusu, một nhóm những cô gái mang trong mình linh hồn chiến hạm Nhật Bản.
Trong một thị trấn bình thường, có những người sống một cuộc sống yên bình và viên mãn. Nhưng họ không biết rằng đó là một nền hòa bình giả tạo. Sự thật chưa kể ... Trái đất đã bị hủy diệt
Vào năm 1973, cuộc xâm lược ngoài hành tinh của đội quân BETA đã đưa nền văn minh của loài người đến bờ vực của sự diệt vong.Để đối phó với lực lượng hùng hậu của kẻ địch, loài người đã tạo ra một loại vũ khí khổng lồ mang dáng dấp con người, có tên gọi là Tactical Surface Fighters (TSF) và triển khai tuyến phòng thủ trên toàn thế giới. Vào năm 2001, Đế quốc Nhật Bản phải đối mặt với những khó khăn trong việc phát triển các TSF thế hệ mới, vì phần lớn các TSF đang phòng thủ cho tiền tuyến vùng
Một ngày nọ, một chiếc hộp đen bỗng dưng đâm sầm vào nhà của cậu học sinh bỏ học Naoto Miura.Bên trong đó là một nữ automata.Chu kì vô tận của thất bại và thành công. Một thế giới đổi thay cùng loài người không hề thay đổi. Vào thời điểm khi mà thực tại và ảo tường cùng gào thét, cuộc gặp gỡ của họ khiến cho chiếc bánh răng của số mệnh bắt đầu xoay chuyển!
Vào một ngày định mệnh, toàn thể nhân loại đã bị hoá thành đá bởi một tia sáng kì lạ. Nhiều thiên niên kỷ trôi qua, cậu học sinh trung học Taiju đã thức tỉnh, đập vỡ lớp đá kia và bước ra khỏi thế giới bên ngoài.