Tuy bộ anime này cũng tên là Lupin đấy, nhưng nhân vật chính không phải là Lupin mà là một con người đặc biệt khác. Đó là nàng thơ của Lupin Đệ Tam: Mine Fujiko.
Bối cảnh phim là một phiên bản khác của thành phố Tokyo, nơi bị tàn phá bởi một cuộc tấn công gây chấn động của bọn khủng bố. Đầu mối duy nhất về danh tính của bọn thủ phạm chính là một video lạ được tải lên mạng. Không chỉ phải đau đầu vì đầu mối này, cảnh sát cũng đang bất lực trong việc ngăn chặn chứng Paranoia (chứng hoang tưởng) đang lan rộng xuyên khắp Nhật Bản.
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Được ra từ xác chết trong máu lẫn bùn lầy lội. Guts đã luôn phải tồn tại giữa ranh giới của sự sống và cái chết. Sau khi phải chịu đựng cả một tuổi thơ khủng khiếp, anh dành cả cuộc đời sau này tiếp tục chém giết, dùng sức mạng để tìm ra ý nghĩa sống cho riêng mình