Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
Nguyên tác của phim lấy bối cảnh ở thời kỳ đỉnh cao của Đế chế La Mã và theo chân Cestvs, một cậu bé bị bắt làm nô lệ và được đưa vào trường đào tạo các võ sĩ để chiến đấu ở Đấu trường La Mã.
Vào thời Chiến Quốc của Trung Quốc cổ (476-211 trước Công nguyên), chiến tranh đã gây nên vô số những điều thảm khốc khiến cho nhiều người mất đi gia đình, người thân, trong số đó có 2 cậu bé là Shin và Hyou của vương quốc Tần.
Thành phố London-ish đại diện cho toàn bộ nền văn minh chạy bằng than và năng lượng hơi nước. Bởi vì hơi nước, thành phố đôi khi được bao phủ trong một màn sương. Villains tận dụng lợi thế của màn sương để ẩn giấu và thực hiện các kế hoạch tội ác của hắn
Valkyria Chronicles is set in a fictitious continent reminiscent of 1930s Europe. The continent, called Europa, is divided into two main powers: The Imperial Empire, a monarchy in the east, and the alliance of democracies called the Federation in the west.