Câu chuyện bắt đầu với nhân vật chính là Mayumi Doujima, một học sinh trung cấp hay gặp rắc rối ở Học viện Yubiwa. Mayumi đã vô tình gặp gỡ và kết bạn với “Trinh thám xinh trai”, năm chàng trai cực đẹp, quá đẹp nhưng lập dị và được đồn đại là chuyên gia giải quyết các câu chuyện bí ẩn tại trường thông qua một CLB phi lợi nhuận.
Mong có được kỹ năng cần thiết để vượt qua người cha hùng mạnh, Baki đến Nhà tù bang Arizona và giao đấu với tên tù nhân khét tiếng mang danh "Phá Xích".
Trong thời kỳ loạn lạc cuối thời Mạc phủ Tokugawa, xuất hiện một sát thủ khiến thiên hạ đều phải khiếp sợ với danh xưng “Hitokiri Battousai”. Thời đại chuyển biến sang một trang sử mới, sát thủ lừng lẫy một thời cũng dần dần biến mất khỏi nhân gian và hắn cũng được thiên hạ mệnh danh là “Kẻ mạnh nhất” trong lịch sử.
Giai đoạn kết thúc thời kỳ Edo, khác với thời đại chúng ta, thảm họa tự nhiên ập đến đánh thức tiềm tàng của con người. Manjiro kiếm sống bằng nghề giúp người dân trong thị trấn gặp khó khăn, nhưng đằng sau những việc đó ông cũng hoạt động bí mật để lấy lại đồ vật quý giá bị đánh cắp từ bọn có quyền thế và đe dọa trong thị trấn. Mọi người gọi ông là Get-backer Roman.
Bối cảnh diễn ra Rail Wars là tại một thế giới song song, nơi mà Nhật Bản không tư nhân hóa ngành đường sắt quốc gia. Naohito Takayama – một cậu học sinh trung học bình thường với mơ ước được làm việc cho Cục đường sắt quốc gia. Cậu được chỉ định vào nhóm thực tập sinh thuộc Lực lượng Bảo an Đường sắt. Trong nhóm còn có Aoi Sakurai, một cô nàng kỳ quái rất ghét con trai. Ngay trong ngày đầu chuyển đến, Naohito đã đụng độ với một nhóm cực đoan tự xưng là “RJ” luôn âm mưu tư nhân hóa ngành đường