2 năm đã trôi qua trên trên hòn đảo Hatsune yên bình. 1 buổi chiều tối, 1 cô gái bí ẩn xuất hiện và ngã gục trước mặt Asakura Junichi, cô đang tìm kiếm bà Sakura, người đã khuất. Vì cô ko còn nơi để đi, nên Junichi quyết định giữ cô ở lại.
kể về khi Majin thức dậy từ sâu thẳm của bóng tối, các vị thần của số phận đã chọn sáu người anh hùng và truyền lại cho họ sức mạnh để cứu thế giới. Adoretto, một cậu bé người từng nói rằng mình mạnh nhất trên Trái đất, đã được lựa chọn trong số các Rokka không Yuusha (Heroes of the Flowers Sáu), và ông đi đến điểm hẹn – nhưng bảy đã tụ tập ở đó. Các anh hùng nghi ngờ rằng một người nào đó trong số bảy là kẻ thù, và nghi ngờ ban đầu rơi vào Adoretto.
bắt đầu Để tiết kiệm cả các Magical Anh và Heavens và khôi phục lại dòng chảy của Akuto, dòng chảy của năng lượng của tất cả mọi thứ, các Magical Vua Munto phải tuân theo một tầm nhìn và tìm thấy những cô gái Yumemi trong thế giới bình thường.
Vào ngày cuối của năm học, Ichika Tachibana 14 tuổi tình cờ gặp một cô gái bước ra từ trong gương.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.