Câu chuyện lấy bối cảnh tại thành phố Neo Tokyo năm 0051 G.C. (Galaxy Century). Đã nửa thế kỷ trôi qua kể từ khi nhân loại bắt đầu cuộc sống ngoài vũ trụ. Con người đã đạt được công nghệ định vị với tốc độ ánh sáng, và đã xây dựng cuộc sống trên những hành tinh cùng với người ngoài hành tinh.
Câu chuyện diễn ra nửa năm sau khi sự kiện Wars Divine kết thúc, chính quyền liên minh Trái Đất phải đối mặt với phiến quân Divine Crusaders và chủng tộc ngoài hành tinh Aerogators. Khi cuộc đấu tranh vẫn tiếp tục chống lại tàn dư của phiến quân Divine Crusader, một mối đe dọa mới từ chủng tộc ngoài hành tinh đến gần.
Dragon Collection (ドラゴンコレクション Doragon Korekushon?) nói về một game luyện rồng ở Nhật Bản, người chơi hóa thân vào trò chơi như đời thật.
Hai năm sau ngày diễn ra sự cố, Aiko Tachibana – 15 tuổi – người đã mất gia đình trong sự kiện “Burst” đã khám phá được những điều bí ẩn từ bạn học cùng lớp mới của cô Yuya Kanzaki. Bí ẩn đó nằm sâu trong thể cô và để giải quyết được vấn đề của cô cần phải thâm nhập vào “Lõi Chính” – trung tâm của Burst.
Câu chuyện xoanh quanh cậu học sinh tên Naoe Riki. Cha mẹ của Riki qua đời từ khi còn nhỏ, bỏ lại cậu bơ vơ và tủi hờn. Thế rồi cậu được cứu bởi một nhóm trẻ cũng chạc tuổi cậu, gồm 3 con trai và một con gái, gọi là Little Buster. Nhóm trẻ này chuyên chiến đấu chống lại quỷ dữ và thực thi công lý. Trưởng nhóm là Natsume Kyousuke, có cô em gái tên là Rin. Hai thành viên kia là Inohara Masato và Miyazawa Kengo. Họ là bạn, nhưng đồng thời cũng là đối thủ. Họ đã ở bên Riki những khi cậu cần, đưa