Tại một thành phố tối tăm, được biết đến là “Hole”, một nhóm các Ma pháp sư đã bắt người đi đường làm chuột bạch cho các “thí nghiệm” tàn bạo của hắc pháp. Ở một con hẻm tối, Nikaido đã tìm thấy Caiman, một gã đàn ông có cái đầu là động vật bò sát và một người có trí nhớ kém
Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
Câu chuyện diễn ra trong một tương lai không xa. Đột nhiên có 5 "Điểm đen" xuất hiện trên thế giới với vai trò là những cánh cổng dẫn đến thế giới song song. Ngay sau đó, có những sinh vật kì lạ bắt đầu xâm chiếm Trái đất từ những "Điểm đen" đó. Những sinh vật kì lạ này là cư dân của 5 thế giới song song xem phim. Để đảm bảo cho sự sống còn của mình, mỗi cư dẫn ở 5 thế giới đều chiến đấu với nhau để quyết định số phận của họ. Chiếc chìa khóa để quyết định đó chính là thiết bị đấu bài.
Nữ thần Rista được giao cho nhiệm vụ cứu rỗi thế giới với độ khó lên đến cấp S. Cô đã triệu hồi một người anh hùng đến trên thế giới ấy để giúp cô đánh bại quỷ vương. Vị anh hùng cô triệu hồi chính là Seiya – một người có sức mạnh phi thường đến phi lý.
N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N. Achroma: Nhà khoa học của đội Plasma, đang tiến hành cuộc thí nghiệm trên Pokemon để hoàn thành chiếc máy kiểm soát pokemon Đội Hỏa Tiễn: Tổ chức xấu xa với tham vọng xâm chiếm thế giới.Ở vùng Isshu thì họ đã tái