Bằng việc đăng ký vào học trường Tenbi, Takeru đã dần xác định được cái mà cậu luôn tìm kiếm bấy lâu..nhưng…với cái máu “dê” cụ bẩm sinh thì mọi việc dường như chẵng suôn sẻ như cậu ta tưởng
được đặt trong một thế giới song song, diễn ra sau các sự kiện của trò chơi đầu tiên, và phát triển câu chuyện theo sự kiện của ba nhân vật chính - Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori, và Yuuma Nosaka.
Tuy bộ anime này cũng tên là Lupin đấy, nhưng nhân vật chính không phải là Lupin mà là một con người đặc biệt khác. Đó là nàng thơ của Lupin Đệ Tam: Mine Fujiko.
Kazamatsuri, một thành phố nổi tiếng hiện đại với vô vàn cây xanh và các nền văn hóa phong phú của Nhật. Và cũng là quê hương của Kotarou Tennouji, một học sinh cao trung hay tò mò và thích đùa. Nhóm bạn ban đầu gồm 3 kẻ-lập-dị luôn chơi chung với nhau, cô bạn nối khổ không kém phần dễ thương Kotori, tên bạn chuyên hùng biện Haruhiko
Cậu thiếu niên Tandoji Alma đang sống cuộc đời cô độc, bị bạn bè xa lánh ở một thành phố cảng thuộc vùng Kantou thì bỗng dưng Aiba Ruri - một cô gái lạ mặt đến xin nhờ cậy sức mạnh "Sacred Seven" mà cậu sở hữu. Tuy vây, Alma ngay lập tức từ chối, vì trong quá khứ sức mạnh này dã từng bị mất kiểm soát, khiến cậu đả thương rất nhiều người xung quanh.