Vào những năm đầu thời Chính Hóa (một thời đại giả tưởng), để ngăn chặn những "thông tin độc hại có thể gây ảnh hưởng xấu tới xã hội", Đạo Luật Cải Thiện Văn Hóa Phẩm đã được chính phủ Nhật thông qua, cho phép Hội Đồng Cải Thiện thả sức tiêu hủy các ấn phẩm mang nội dung gây bất lợi cho họ. Để bảo vệ quyền tự do của mình, các thư viện đã tự vũ trang, thành lập Lực Lượng Thư Viện. Mâu thuẫn giữa hai bên càng lúc càng leo thang.
Vào năm 1939 ,Chủ nghĩa đế quốc Germania bát ngờ xâm lược các nước láng giềng . Sau đó chiến tranh làn dần và lan rộng ra châu âu.Thâm chí lúc này cả thế giới dường như bị lôi kéo vào vòng xoáy của 1 cuộc chiến tranh thế giới .Đến năm 1940 , Principality của Elystadt một quốc gia nhỏ ở dưới dãy núi Alps cũng bị tấn công, từ đó câu chuyện bắt đầu
Ashito Aoi là một cầu thủ bóng đá trẻ, đầy khát vọng đến từ một thị trấn vùng nông thôn ở Nhật Bản. Hy vọng vào được một trường trung học với một câu lạc bộ bóng đá giỏi đã tan thành mây khói khi anh gây ra một sự cố trong một trận đấu quan trọng cho đội của mình, dẫn đến việc họ bị loại và bị loại khỏi giải đấu
12000 năm trước, cuộc chiến tàn khốc giữa Aquarion và Thiên Thần Bóng Tối đã đi vào truyền thuyết... 12000 năm trôi qua, nhân loại lại phải đối mặt với những Abductor(Kẻ bắt cóc), những kẻ đến từ Chiều Không Gian Khác cũng giống như Thiên Thần Bóng Tối với mục đích là bắt cóc con người
Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.