câu chuyện tiếp theo của hai phần trước vô cùng thành công.Phần 3 này sẽ đưa đến thêm những nhân vật hoàn toàn mới với câu chuyện vẫn xoay quanh Makoto Naegi và bạn bè của mình.Kyoko Kirigiri, Yasuhiro Hagakure và Aoi Asahina và những người bạn mới sẽ phải trải qua những khó khăn và thử thách nào trong phần 3 đầy gay cấn này?
hành trình leo lên đỉnh một tòa tháp bí ẩn của nhân vật chính – Bam 25th để tìm lại người bạn thân Rachel của mình. Trong cuộc phiêu lưu nguy hiểm nhưng cũng vô cùng thú vị này, Bam 25th đã gặp gỡ nhiều người bạn mới và đối đầu với không ít đối thủ mạnh mẽ. Trải qua những thử thách không tưởng ở mỗi tầng, bí mật về chính Bam 25th và tòa tháp dần được hé lộ.
Thời đại là thời Chiến quốc đầy biến động ở Hinomoto. Kinokuni, vùng núi và biển chưa được khám phá. Ở sâu trong rừng sâu này, có một nhóm sử dụng "Yatagarasu" làm biểu tượng cờ của họ và sử dụng súng làm vũ khí. Tên của họ là "Saikashu"
Kokonose Chuta "lẩm bẩm" không có nhiều bạn bè, mà thực ra, ngoại trừ người thân thì người duy nhất cậu nói chuyện là giọng nói trong đầu cậu. Dần dần thì cậu cũng nhận ra không phải cậu bị điên, chỉ là có một người ngoài hành tinh sống trong cơ thể cậu.
Năm 60 trong thế kỷ tương lai, hầu hết loài người đã bỏ lại trái đất bị ô nhiễm và tiến vào không gian để sinh sống. Để ngăn chặn chiến tranh, các colony đã thống nhất đồng ý tổ chức Đấu Trường Gundam để bầu ra colony đại diện cầm quyền những colony còn lại trong bốn năm tại một thời điểm.