Fuyuki City—a city surrounded by the ocean and the mountains becomes the setting for an age-old ritual. To realize the mythical Holy Grail, which is said to grant any wish from its possessor, seven masters are given seven heroic spirits chosen by the Grail. These heroic spirits or servants are: Saber, Lancer, Archer, Rider, Caster, Assassin, Berserker.
Vào ngày 1 tháng 5 năm 1945 tại Berlin, khi Hồng quân nâng lá cờ Xô viết trên Reichskanzlei, một nhóm các sĩ quan Đức Quốc xã tiến hành nghi thức. Đối với họ, việc giết mổ trong thành phố không chỉ là một nghi lễ hoàn hảo, một nhóm siêu nhân có thể sẽ mang lại sự hủy diệt của thế giới. Nhiều năm sau, không ai biết được nhóm sĩ quan này đã thành công hay liệu họ đã sống hay đã chết.
Miyu bỗng bị bắt trở về quê nhá của mình, và Illya phải lết xác sang thế giới song song để giải cứu cô bạn của mình. Lại chuẩn bị đón chờ những màn action cực đã mắt của bộ này thôi nào!!
Nối tiếp Ss1, lần này Illya và Miyu có nhiệm vụ phải bình thường hóa "Sự rung động của Trái đất". Nhưng mệt mỏi thay khi xuất hiện trước mắt hai người lại là một Illya khác!?
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.