Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Vương quốc Metallicana đang bị Four Lords of Havoc tấn công. Nhóm nhân vật phản diện này - bậc thầy ninja Gara, nữ hoàng sấm sét chết chóc Nei Arshes, Kall-Su lạnh lùng và tính toán, và linh mục hắc ám bí ẩn Abigail
Trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với sự hủy diệt từ những sinh vật khổng lồ bí ẩn. Chúng được gọi là "Huge". Toàn bộ thế giới đã hợp nhất với nhau chống lại Huge và phát triển một thứ vũ khí mới được gọi là "CHARM" (Counter Huge Arms).
Câu chuyện diễn ra ở Long Quốc, Nonoko có nhiệm vụ bảo vệ rồng khỏi bị sâu răng. Một ngày nọ, cô phát hiện 1 người lính phe địch bất tỉnh. Tên người lính là Bell và được hồi sinh từ răng rồng. Và cũng là điềm báo sắp xảy ra 1 tai hoạ khủng khiếp. Nonoko và Bell trải qua nhiều trận chiến ác liệt và cuối cùng họ học được cách chấp nhận số phận.
Một trò chơi online bỗng dưng trờ thành trò chơi của tử thần sau khi 10.000 người bị cuốn vào trò chơi.