Sakura Kinomoto là một cô bé 10 tuổi học lớp 4, sống cùng bố và anh trai tại thị trấn Tomoeda. Một lần, cô bé vô tình mở một quyển sách trên giá dưới tầng hầm, cô đọc tên lá bài mình nhìn thấy là The Windy. Và hậu quả là tất cả thẻ bài nằm trong cuốn sách bay tứ tán khắp nơi, chỉ con sót lại duy nhất thẻ The Windy
Cốt truyện xoay quanh cậu học sinh Aono Tsukune học kém, thi trượt cấp III. Bỗng nhiên một ngày đẹp trời bố cậu may mắn nhặt được một lá đơn nhập học và cậu đã đến học tại Học viện Youkai. Thật không ngờ đây lại là trường học dành cho yêu quái. Ngay ngày đầu đến trường Tsukune đã gặp và có cảm tình với cô bạn xinh đẹp Moka - một nữ Vampire. Cuộc đời và số phận Tsukune chuyển sang bước ngoặt mới. Thay vì tìm cách thoát khỏi ngôi trường đáng sợ, Tsukune quyết định tiếp tục theo học để được ở lại
Aida Mana là một cô gái luôn hết mình giúp đỡ người khác. Một ngày, khi mà cô thăm Tháp Clover trong chương trình định hướng học đường của cô, một kẻ địch tự xưng là Selfish đột ngột xuất hiện và hắn âm mưu chiếm đoạt trái tim của cô ấy. Để chống lại kẻ địch, Aida đã mượn sức mạnh từ tiểu tiên Sharuru để hóa thân thành Precure
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Fuyuki City—a city surrounded by the ocean and the mountains becomes the setting for an age-old ritual. To realize the mythical Holy Grail, which is said to grant any wish from its possessor, seven masters are given seven heroic spirits chosen by the Grail. These heroic spirits or servants are: Saber, Lancer, Archer, Rider, Caster, Assassin, Berserker.