Do sự xâm lược của Disas-Những sinh vật đến từ vùng đất của cái chết, loài người đang trên bờ vực của sự diệt vong, được cứu bởi những cô gái mang sức mạnh ma thuật trong người. Ba năm sau, sự cố mới đột ngột xảy ra, cuộc sống đời thường của những cô gái trước kia nay đã biến mất
Gon – từ nhỏ đến lớn chưa bao giờ được gặp mặt cha – tham gia vào cuộc thi lấy chứng chỉ Hunter, một cuộc thi rất khắc nghiệt nhằm chọn ra những thành viên ưu tú cho đội ngũ “Hunters”. Cha của Gon là một Hunter huyền thoại và cậu ấy muốn tìm ra cha mình nên đã chọn con đường theo nghiệp Hunter. Gon gặp Killua trong vòng kiểm tra đầu tiên. Killua đến từ một dòng họ nổi tiếng trong việc hành nghề ám sát: ZhaoldYeck. Killua đã được huấn luyện từ nhỏ để trở thành sát thủ, và cậu ấy có tài năng
Hadzuki, một nữ sinh trung học. Cô sống chung với bạn cùng lớp và cũng là người cô phải lòng - Hatsumi. Bi kịch xảy ra vào ngày sinh nhật thứ 16 của Hatsumi, khi cô biến mất trong một vầng sáng xanh trước mắt Hatsuki( khi em này đang chuẩn bị lấy đi sự trong trắng của Hatsumi). Hadzuki đã lên đường tìm kiếm người yêu với sự giúp đỡ của một cô phù thủy loli... còn tiếp theo thì đợi download đã.
Marin và Urin, 2 chị em được gọi là "pure" sống trên biển. Nhưng họ luôn hướng tới 1 thế giới bên ngoài mặt biển, sâu trong đất liền.Một ngày nọ, một chiếc nhẫn rơi xuống giữa lòng biển xanh và Marin, Urin nhặt được nó. 2 người quyết định lần đầu tiên sẽ rời biển để tìm trả lại cho chủ nhân chiếc nhẫn. Sau một cuộc hành trình gian nan, họ đến 1 hòn đảo cô độc và ở đây có 1 cô bé cấp 3 sống.Cuộc gặp gỡ giữa 3 người - 2 miko của Biển và 1 miko của Bầu trời - làm thức tỉnh một sức mạnh tiềm tàng
Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.