Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.
Đó là ngày đầu tiên của năm học mới. Học sinh lớp 5 Ari và những người bạn thân nhất của cô, Suha và Min đã bắt đầu một hoạt động sau giờ học gọi là Câu lạc bộ giải quyết vấn đề. Tuy nhiên, dường như không ai có bất kỳ vấn đề nào cần phải giải quyết. Ari thất vọng khi phát hiện ra một con chuột lang bất tỉnh trên đường.
Câu chuyện diễn ra trên 1 hòn đảo nhỏ Regalo, tại đây hòn đảo được bảo vệ bởi 1 nhóm người có tên Arcana Famiglia, gồm các thành viên có năng lực siêu nhiên. Vào ngày kia có 1 cô gái 16 tuổi tên là Felicita đến gặp cha cô, là người đứng đầu Arcana Famiglia. Cô được cha cho gia nhập vào nhóm “Serie of Sword”, và cô được gặp gỡ với những thành viên đẹp trai khác
Mai, một Santa thực tập, xuất hiện trước mặt một cậu bé kém may mắn tên là Santa vào đêm Giáng sinh, đã hứa với anh rằng cô sẽ làm cho anh ta hạnh phúc trong một đêm.
Suzuhara Izumiko sinh ra và lớn lên trong một ngôi đèn trên núi Kamuno, năm 15 tuổi. cô chuyển lên tokyo để học trung học. Trên đường đi, một vật thể tên là “Himegami” xuất hiện. Từ đó bí mật của gia tộc cô dần dần hé lộ.