Ở tương lai, khối liên minh loài người tại dải ngân hà vẫn đang phải liên tục chiến đấu để chống lại một thứ gọi là “Hideous”. Trong lúc cuộc chiến đang diễn ra cao trào thì Redo, một trung úy trẻ và vũ khí di động hình người của mình đã bị hút vào một lổ hổng không gian.
Babylon là câu chuyện hồi hộp kịch tính xoay quanh Zen Seizaki, một công tố viên với Văn phòng Công tố viên quận Tokyo. Trong khi điều tra các hành vi bất hợp pháp của một công ty dược phẩm nọ, Seizaki tình cờ khám phá ra một âm mưu trong cuộc bầu cử cho một “khu vực tự trị mới” được thành lập ở tây Tokyo.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.
Sau cái chết của Toutaku Chuuei (Đổng Trác) và sự mất tích của Ryofu Housen (Lữ Bố) ở Season 1. tại Season 2 này Sonsaku Hakufu (Tôn Sách), cùng với Ryuubi Gentoku (Lưu Bị) sẽ chiến đấu với ma vương Sousou Moutoku (Tào Tháo), ai sẽ là người chiến thắng xem sẽ rõ