Tiếp tục sau khi cô nàng Sakura Trees trở lại. Dựa trên một phần tiếp theo của trò chơi PS2 DaCapo gốc, câu chuyện một lần nữa sẽ diễn ra vào Hatsunejima, nhưng được thiết lập 53 năm sau khi các sự kiện của DC và DCSS. Mặc dù một số ký tự có thể sẽ xem xét một chút quen thuộc để mắt khởi xướng, dàn diễn viên là một cái mới.
Nhân vật nữ chính là Saya- là một trong hai "ma cà rồng" thuần chủng của chủng loài Chiropteran. Cô trở thành một thợ săn của Red Shield- một tổ chức lập ra với mục đích tiêu diệt Diva- em gái song sinh của Saya, kẻ đã tạo ra các Chiropteran khát máu và là mối đe dọa lớn của loài người (Diva muốn dùng máu của mình để biến loài người thành Chiropteran). Saya sử dụng một thanh katana đặc biệt có thể dẫn máu từ tay của Saya để tẩm lên lưỡi kiếm và "thanh tẩy" các Chiropteran bất tử.
Sakura nay đã 14 tuổi và bắt đầu đi học Trung học cùng với bạn bè, trong đó có Syaoran, người vừa trở về Tomoeda. Sau khi trong giấc mơ xuất hiện một người mặc áo choàng bí ẩn, tất cả những lá bài của Sakura trở nên trống rỗng và trở nên vô dụng, và vì thế cô bắt đầu nhiệm vụ đi điều tra đã có chuyện gì xảy ra.
Câu chuyện bắt đầu với sự xuất hiện của một nhà pháp sư đại tài, người đã nhiều lần giải cứu thế giới của ông thoát khỏi tai vạ bằng pháp thuật của mình. Một ngày nọ, vị pháp sư ấy tình cờ nhặt được một đứa bé, ông quyết định nhận nuôi nó và đặt tên đứa bé ấy là Shin.
Kamisaka Haruhi là một trong những học sinh giỏi nhất của trường phép thuật. Cô nàng muốn trở thành phù thủy vì hồi còn nhỏ cô đã được một cậu bé dùng phép thuật cứu thoát khỏi đám con trai đang chọc ghẹo mình. Bên cạnh cô còn có Hiiragi Anri, bạn thân và cũng là đối thủ.