Nhiếp ảnh gia tự do Kouya Madoka đang rơi vào tình trạng suy thoái vì một lý do nào đó. Khi đang thực hiện một câu chuyện tại Đường đua quốc tế Fuji, anh gặp tay đua F4 thời trung học Haruka Asahina và anh đột nhiên thấy tim mình đập loạn nhịp một lần nữa.
phim tiếp nối câu chuyện ở phần 1 Kanuu và Chouhi của nhóm giải cứu một cô gái bí ẩn, những người thực sự là Ryuubi thực, cô tên và thanh kiếm gia truyền đánh cắp sau khi các sự kiện của mùa giải trước
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên
câu chuyện về Hida Kizun, một người thanh niên theo yêu cầu của chị gái mình đã đến học viện quốc phòng chiến lược ataraxia .Oử đây anh đã gặp được một người con gái tên Chidorigafuchi Aine , cô gái này mang trên mình một chiếc áo giáp ma thuật Zerosu.Cô gái này là một điều gì đó được cho là ẩn số đặc biệt, tại sao cô lại có chiếc áo giáp ma thuật đó?
Chuyện về những bé gái được tổ chức bí mật ở Ý đào tạo, trang bị và sử dụng như những sát thủ phần 2.