Pastry Mille Morteln, 9 tuổi, mong muốn trở thành một thợ làm bánh chuyên nghiệp. Cậu có ước mơ về một vùng đất có đầy đủ các loại bánh thơm ngon, ngọt ngào. Nhưng trước đó, cậu còn rất nhiều việc phải làm! Từ việc học cách chiến đấu, đến việc điều khiển phép thuật cố gắng hết sức để bảo vệ ngôi làng của mình khỏi bọn cướp.
Vào một ngày định mệnh, toàn thể nhân loại đã bị hoá thành đá bởi một tia sáng kì lạ. Nhiều thiên niên kỷ trôi qua, cậu học sinh trung học Taiju đã thức tỉnh, đập vỡ lớp đá kia và bước ra khỏi thế giới bên ngoài.
Dựa theo tựa game cùng tên. Câu chuyện lấy bối cảnh vào năm 2115 khi mà Nhật Bản bị chia cắt thành 2 thế giới song song với nhau. “Ranh giới vô pháp S” và “Khu hành chính Tây phương số 17″. Cả 2 phe đấu tranh cả ngày lẫn đêm để giành được vị trí “Duy nhất” trong tương lai và cho chính sự tồn tại của họ.
Câu chuyện xoay quanh Daichi Manatsu, một nam sinh năm 2 trung học. Bị thôi thúc bởi cái chết bí ẩn của cha, kí ức về những người bạn hồi thơ ấu và vòng cầu vồng bí ẩn trên bầu trời, Daichi quay về quê hương Tanegashima để tìm hiểu ngọn nguồn sự việc. Tại đây, cậu vô tình phát hiện và trở thành phi công lái người máy Earth Engine, bay vào không gian giao chiến với sinh vật cơ khí Kill-T-Gang đến từ Thiên Vương tinh để bảo vệ trái đất.
Momo một nữ sinh cao trung tại thành phố Sorasaki. Nhưng đấy chỉ là vỏ bọc của cô thôi. Đằng sau thân phận học sinh, Momo chính là một điệp viên của cục tình báo Tsukikage - nơi bảo vệ thành phố và người dân. Dưới sự dẫn dắt của cấp trên Yuki và những người bạn của mình, họ cùng nhau duy trì trật tự hòa bình của thành phố này. Câu chuyện sẽ theo chân cuộc hành trình của 6 cô gái dũng cảm.