Cùng với "Mana", một công nghệ dữ liệu đã phát triển đến cấp cao và gần giống như ma thuật, loài người đã có thể chinh phục tất cả những cuộc chiến tranh, nạn đói, ô nhiễm, và nhiều vấn đề khác trên Trái Đất. Trái Đất đã có được hòa bình tuyệt đối và chẳng còn nhu cầu gì. Công chúa đầu tiên của đế chế Musurugi, Angelize. Cũng như bao người khác, cô cũng không có nhu cầu gì, và cũng chẳng lo lắng chi.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Vào năm 2075, cuộc sống đi lại của nhân loại giữa Trái Đất, Mặt Trăng và Không Gian là chuyện thường ngày. Tuy nhiên, sự phát triển của công nghệ cũng làm phát sinh một vấn đề vô cùng nguy hiểm, đó là rác vũ trụ. Đây là câu chuyện về một nhóm nhân viên chuyên dọn dẹp rác vũ trụ, tình tiết nhẹ nhàng, lãng mạn kết hợp với phong cách Phi Hành chắc chắn sẽ làm vừa lòng những khán giả của thể loại Drama + Romance,
Reiyan Asura, nếu đó là tên thật của anh ấy, thức tỉnh trong khoảng không, bị ràng buộc bởi xiềng xích. Anh ta không nhớ mình là ai hay làm thế nào anh ta đến được thế giới màu trắng này.
Ryuuji Takasu is a gentle high school student with a love for housework; but in contrast to his kind nature, he has an intimidating face that often gets him labeled as a delinquent. On the other hand is Taiga Aisaka, a small, doll-like student, who is anything but a cute and fragile girl.