Vào năm 2045, sau một thảm họa kinh tế được gọi là Mặc định toàn cầu được đồng bộ hóa, sự phát triển nhanh chóng trong AI đã thúc đẩy thế giới bước vào trạng thái của Cuộc chiến bền vững. Tuy nhiên, công chúng không nhận thức được mối đe dọa mà AI có đối với loài người.
In ancient times, a group of young men devoted their lives to protecting Athena, the Goddess of Wisdom and War. These men were capable of fighting without weapons—a swing of their fist alone was powerful enough to rip the very sky apart and shatter the earth beneath them. These brave heroes became known as Saints, as they could summon up the power of the Cosmos from within themselves.
Do một tai nạn thương tâm, một nửa cơ thể của Keina Kagami đã bị liệt và phải sử dụng đến một cỗ máy để duy trì sự sống của mình. hôm nọ, vì vấn đề mất điện mà cô đã qua đời một cách đáng tiếc. Tuy nhiên, ngay trước đó, tâm trí cô đã bị chuyển sang thế giới của trò chơi trực tuyến mà cô đang chơi. Khi tỉnh lại, cô đang ở trong trò chơi, hơn nữa còn là 200 năm trong tương lai?
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.
Câu chuyện diễn ra trong tương lai, khi thế giới đang bị những sinh vật làm ô nhiễm “pollutant” đẩy loài người vào một thành phố di động mang tên Regios. Lei-Fon Alseif, một học sinh năm 1 phổ thông, đã miễn cưỡng tham gia vào đơn vị nghiên cứu võ thuật 17 do một sinh viên năm cuối Nina Antouku dẫn đầu chống lại những “Pollutant Beasts”