Fate/kaleid Liner Prisma-Illya là spin-off của Fate/stay night, với Illyasviel von Einzbern là nhân vật chính, một nữ sinh bình thường. Một ngày nọ, cây gậy phép ruby của tohsaka Rin (Kaleido Ruby) chán chủ nên bay đến chọn Illya làm chủ nhân, cùng lúc đó, cây gậy của Luvia (Kaleido shapphire ) cũng chọn chủ mới là bạn học của Illya.
Hanasaki Tsubomi là một nữ sinh lớp 8 thích hoa và cây cối. Một ngày nọ cô ấy mơ một giấc mơ kỳ lạ. Trong giấc mơ đó, một cây to đầy bông đã xuất hiện. Đột nhiên nó mất tất cả hoa và một nàng tiên xuất hiện.
Kururu, Chiriri, Sarara và Hororo là 4 nhóc tiên tý hon sống trong 4 chiếc lọ trên bàn của Sensei-san. Họ cùng nhau tìm hiểu về thế giới con người với mong muốn được trở thành một trong số đó nói chúng xem rồi sẽ biết
Cốt truyện xoay quanh cậu học sinh Aono Tsukune học kém, thi trượt cấp III. Bỗng nhiên một ngày đẹp trời bố cậu "may mắn" nhặt được một lá đơn nhập học và cậu đã đến học tại Học viện Youkai. Thật không may đây lại là trường học dành cho yêu quái. Ngay ngày đầu đến trường Tsukune đã gặp và có cảm tình với một cô gái xinh đẹp tên là Moka - một nữ Vampire. Cuộc đời và số phận Tsukune chuyển qua một bước ngoặt mới. Thay vì tìm cách thoát khỏi ngôi trường đáng sợ, Tsukune quyết định ở lại theo học
Câu chuyện này nói về một cô gái 15 tuổi là một thần tượng mới mẻ trong tình yêu với anh trai của người bạn thân nhất cũng là một thần tượng nổi tiếng. Nhưng cô lại gặp một chàng yakuza đáng sợ và biết rằng mẹ cô là một cô gái kỳ diệu, và người yakuza là linh vật của cô.