Bối cảnh chuyện đặt trong những năm 2013. Được nuôi dạy như người thuộc tầng lớp ưu tú nhất từ năm 2 tuổi, 1 cậu bé tên Shion sống trong 1 khu vực đặc biệt được gọi là No.6. Trong đêm sinh nhật thứ 12 của mình, cậu cứu được 1 cậu bé tự xưng là “Nezumi”(Chuột). Nezumi đang tìm cách trốn thoát khỏi Khu Vực An Ninh Đặc Biệt (Special Security Area) của thành phố. Kể từ giây phút đó, cuộc đời của Shion đã thay đổi mãi mãi…
Được chuyển thể từ game của Square Enix Deep Insanity lấy bối cảnh ở một nơi đầy dịch bệnh. Rất nhiều người nơi đây đã bị hôn mê đột ngột vì “hội chứng Randolf” bí ẩn. Và khu vực Asylym nằm ở Nam cực chính là “khởi nguồn” của đại dịch.
Giữa những bức tường bao quanh, các thanh niên sẽ được nuôi dưỡng bởi các robot. Mặc dù cuộc sống ở đó có thể khá đơn sơ, nhưng theo nhiều cách, nơi đây lại giống như một lát cắt của thiên đường. Ở thế giới bên ngoài thì không khác gì một địa ngục trần gian, nơi sinh sống của những sinh vật kỳ dị và tràn đầy sức mạnh
Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Một ngày nọ, một chiếc hộp đen bỗng dưng đâm sầm vào nhà của cậu học sinh bỏ học Naoto Miura.Bên trong đó là một nữ automata.Chu kì vô tận của thất bại và thành công. Một thế giới đổi thay cùng loài người không hề thay đổi. Vào thời điểm khi mà thực tại và ảo tường cùng gào thét, cuộc gặp gỡ của họ khiến cho chiếc bánh răng của số mệnh bắt đầu xoay chuyển!