Vào một ngày định mệnh, toàn thể nhân loại đã bị hoá thành đá bởi một tia sáng kì lạ. Nhiều thiên niên kỷ trôi qua, cậu học sinh trung học Taiju đã thức tỉnh, đập vỡ lớp đá kia và bước ra khỏi thế giới bên ngoài. Trước mắt cậu là hàng loạt những pho tượng đá của nhiều người. Tuy nhiên, cậu không một mình
Câu chuyện xoay quanh cậu học sinh trung học Michio Kaga. Lang thang không mục đích trong cuộc sống cũng như trên internet, cậu vô tình được đưa từ một trang web mờ ám đến một thế giới tưởng tượng - tái sinh thành một người đàn ông mạnh mẽ có thể sử dụng sức mạnh "ăn gian".
Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
Rachel (13 tuổi) tỉnh dậy và thấy mình bị mắc kẹt trong tầng hầm của một tòa nhà bỏ hoang. Không còn nhớ gì cả thậm chí là một manh mối, cô lang thang trong tòa nhà, mệt mỏi và chóng mặt. Rồi cô tình cờ gặp một gã quấn khăn khắp mình, tự giới thiệu mình là Zack và cầm một thứ như lưỡi liềm.
Câu chuyện tập trung vào cậu bé Wataru đã đi đến thế giới Soukaizan để đáp lại lời kêu gọi từ nơi này. Sự hiện diện của cái ác đã bao trùm khắp vùng đất này và sức mạnh của robot Ryuujinmaru đã bị phong ấn. Cùng với những người đồng hành: Shibaraku, Toraou và Himiko, Wataru sẽ bắt đầu một cuộc phiêu lưu mới.