Tiến sĩ Saotome trở về từ cõi chết sau khi bị giết bởi phi công Gare Nagare Ryoma và đe dọa thế giới với sự sáng tạo tối thượng của ông: Shin Dragon. Ryoma miễn cưỡng hợp tác với cựu đồng nghiệp của mình là Jin Hayato và Tomoe Mushashi để chống lại Dr. Saotome.
In ancient times, a group of young men devoted their lives to protecting Athena, the Goddess of Wisdom and War. These men were capable of fighting without weapons—a swing of their fist alone was powerful enough to rip the very sky apart and shatter the earth beneath them. These brave heroes became known as Saints, as they could summon up the power of the Cosmos from within themselves.
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.
Cuộc sống du lịch của Kraft Lawrence là một cuộc hành trình đơn độc, đi từ thị trấn này đến thị trấn khác chỉ cùng chiếc xe ngựa và hàng hóa. Nhưng mọi thay đổi khi anh phát hiện một nữ thần sói, Holo, đang ẩn nấp trong xe của mình.
Câu chuyện bắt đầu khi một nữ sinh trung cấp tên Yume nhìn thấy một thứ gì đó từ trên trời rơi xuống và rồi gặp một chú mèo màu tím mộng mơ tên là Mew. Hóa ra Mew có sức mạnh của “Yume Synchro”, một sức mạnh để đi vào giấc mơ. Trong thế giới giấc mơ, cô ấy cùng với Mew thu thập Mộng Thạch.