Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
Yuta Hibiki không thể nhớ mình là ai, một giọng nói kỳ lạ từ một chiếc máy tính cũ xưa mà chỉ mình Yuta có thể nghe được. Những hình ảnh về cỗ máy không lồ thoáng qua trong đầu, giọng nói ấy như muốn kêu gọi điều gì? Bỗng nhiên chưa hiểu
câu chuyện về Hida Kizun, một người thanh niên theo yêu cầu của chị gái mình đã đến học viện quốc phòng chiến lược ataraxia .Oử đây anh đã gặp được một người con gái tên Chidorigafuchi Aine , cô gái này mang trên mình một chiếc áo giáp ma thuật Zerosu.Cô gái này là một điều gì đó được cho là ẩn số đặc biệt, tại sao cô lại có chiếc áo giáp ma thuật đó?
Truyện kể về cô học sinh Ryuuko Matoi đang trên đường tìm sự thật về cái chết của bố mình. Cô đã chuyển đến học viện Honnouji đang được nắm trùm bởi chị hai Satsuki Kiryuuin của hội học sinh. Trong tay là thanh kiếm kéo - thứ vũ khí đã được dùng để giết bố mình, cùng ngượi trợ thủ bí ẩn là một bộ đồng phục thủy thủ vừa mới gặp, liệu Ryuuko sẽ vượt qua được ải
Shun Tokinoya là học sinh trung học năm thứ hai sống cùng mẹ và em gái. Sau khi cha anh qua đời trong một vụ tai nạn và em gái anh bị thương, anh đã bỏ trò chơi mà mình yêu thích và hiện làm việc tại một quán cà phê thể thao điện tử tên là "FOX ONE".