Một thế giới tồn tại những Người điều khiển (Meisters) và những Người biến thành vũ khí (Weapon), câu chuyện xoay quanh 3 nhóm nhân vật, là học viên của Shibusen (trường đào tạo Meisters và Weapon do Tử thần thành lập), nhiệm vụ của họ là thu thập đủ 99 linh hồn xấu xa và 1 linh hồn phù thuỷ để biến vũ khí thành Lưỡi hái Tử thần (Death Scythe)
Tiếp theo SS 1, câu chuyện xoay quanh cuộc đời của Tomoya và Nagisa sau khi 2 người tốt nghiệp THPT. Từ lúc Tomoya bày tỏ tình cảm của mình với Nagisa, 2 người càng lúc càng gắn bó khăng khít hơn với nhau (Có kết hôn, có "make love", có baby ). NHƯNG có một sự kiện bất ngờ đã xảy đến với họ, khiến cuộc đời 2 người thay đổi vĩnh viễn
Thế giới tồn tại hai thế giới song song. Một là thế giới con người, Assiah. Một là thế giới ác quỷ, Gehenna. Hai thế giới cơ bản không thể thông với nhau. Tuy nhiên, loài quỷ có thể tới Assiah bằng cách chiếm hữu thể xác con người
Giang Hộ thời đại sơ kỳ, Đảo Nguyên Loạn đã tạo một cuộc rung chuyển Nhật Bản. Và tâm điểm là thành phố Minami Shimabara, tỉnh Nagasaki. Tại đây, Chí Lang cùng Thời Bát gặp lại Thiến, người bạn thuở ấu thơ từ Tokyo về. Rồi xuất hiện Goron và hành trình bắt đầu từ đây.
Hai cô gái đang được huấn luyện để trở thành Miko tại đền Tema : Matoi Sumeragi và Yuma Kusanagi. Matoi Sumeragi sống với ông bà từ khi cô còn nhỏ , đến năm thứ hai của trường trung học cơ sở khi cuối cùng cô cũng đã có thể sống với cha mình. Matoi khao khát được sống một cuộc sống đơn giản