Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
Chuyện kể về 3 chị em, vì cha bị mất tích một cách bí ẩn, nên 3 chị em lập lên một nhóm tên là Cats Eye để tìm những manh mối về người cha của mình.
Câu chuyện xảy ra trong một thời đại mà các thảm hoạ nhiên thường xuyên diễn ra khắp thế giới, khi mà cyborg hay các robot tự động đang dần xuất hiện trên các thị trường của các quốc gia phát triển công nghệ cao, và các cường quốc đấu đá lẫn nhau vì công nghệ và tài nguyên. Khi đó, sự phân biệt giàu nghèo càng trở nên gay gắt hơn. Kẻ giàu thì trở nên kiêu ngạo,còn kẻ nghèo thì càng trở nên khốn khó hơn
Năm 2015, Tổng công ty C C bắt đầu tiêu hủy game online " The World" để tiếp nối một dự án khác dự trên dữ liệu đó. Năm 2016 "The World R:2" được phát hành, .hack//Roots là khoảng thời gian Haseo cùng với Shino và Ovan ở trong hội Lữ Đoàn Chạng Vạng trước khi ra đời game .hack//G.U. PS2
Ở tương lai, khối liên minh loài người tại dải ngân hà vẫn đang phải liên tục chiến đấu để chống lại một thứ gọi là “Hideous”. Trong lúc cuộc chiến đang diễn ra cao trào thì Redo, một trung úy trẻ và vũ khí di động hình người của mình đã bị hút vào một lổ hổng không gian.