Tokyo năm 2030, tại một khu ngoại ô nọ bất ngờ xuất hiện một âm thanh lạ có tần số cao cùng với một màn sương màu đỏ che phủ. Bất kỳ ai nghe được thứ âm thanh này kể cả động vật đều mất đi ý thức.
Ở sâu trong khu rừng sống Allen có một phù thủy bị ruồng bỏ. Hắn được nể sợ bởi những kẻ sống gần đó và được biết với cái tên "Demon Lord".
Murakami Ryouta luôn day dứt về cái chết của cô bạn thời thơ ấu của mình, người mà anh chỉ còn nhớ với biệt danh Kuroneko. Một ngày, một cô gái trông giống hệt người bạn thời thơ ấu chuyển vào lớp của anh với cái tên Kuroha Neko. 2 người họ liệu có phải là 1? Câu chuyện tình đẫm máu và nước mắt bắt đầu.
Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Bất chấp lời cảnh bảo của các nhà khoa học về khả năng hai cực của Trái Đất sẽ bị xoắn lại, hai cường quốc lớn vẫn lao vào cuộc chiến tranh sử dụng lực từ. Động đất và sóng thần xảy ra, phá hủy phần lớn nền văn minh nhân loại.