Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu
Câu chuyện khởi đầu ở một tương lai xa, khi Trái Đất đã bị ô nhiễm đến không thể sinh sống, con người đã quyết định rời quê hương để di dân vào vũ trụ
Ayaka Kagari, một cô gái tài năng trong thể thao, xuất sắc trong học tập, đứng đầu tất cả mọi thứ. Dĩ nhiên cô cũng có phép thuật mạnh nhất trên trái đất. Nhưng mục đích của cô là phải bảo vệ Honoka Takamiya, bạn cùng lớp của cô ấy bằng mọi giá.
Anne Halford là một thợ làm kẹo quyết tâm theo bước chân của mẹ mình và trở thành Bậc thầy Silver Sugar, một danh hiệu chỉ được ban tặng bởi hoàng gia.
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!