Season 2 vẫn tiếp tục câu truyện về Khuyên ấn Orpheus và Phi Brain, nhưng những trận đấu thì ngày càng nóng lên. Một thế lực mới, một nhóm những thiếu niên tự xưng là Hậu Duệ Orpheus xuất hiện thách thức Kaito và những người bạn. Một cuộc chiến mới lại bắt đầu.
Vào năm 1604, bốn năm sau trận chiến lịch sử Sekigahara. Người dân đang cố gắng khôi phục lại cuộc sống từ hậu quả của nó và tận hưởng sự thái bình vừa đạt được. Trong bối cảnh đó, Yuya Shiina, một nữ săn tiền thưởng từ việc bắt tội phạm, đã tóm một thầy thuốc lang thang, yêu chuộng hòa bình Mibu Kyoshiro vì tội ăn “quịt”. Đang tìm cáchdẫn Kyoshiro đi báo quan, đột ngột một con quái vật kì dị xuất hiện, đòi giết Kyoshiro. Trong khoảnh khắc cận kề cái chết, mắt của Kyoshiro chuyển sau màu đỏ
Juri Yukawa sống với cha và anh trai NEET, ông nội đã nghỉ hưu, chị gái (một bà mẹ độc thân) và cháu trai trẻ của bà. Một ngày nọ, cháu trai và anh trai của cô bị bắt cóc để chuộc. Chỉ có 30 phút để đáp ứng nhu cầu của những kẻ bắt cóc, Juri, người nhận ra rằng không có đủ thời gian để chuẩn bị tiền, quyết định tự cứu mình bằng dao trong tay khi ông nội của cô sử dụng một viên đá bí ẩn đi qua trong Yukawa gia đình để dừng thời gian.
Nero là người sẽ trở thành boss của mafia vào này nào đó. Cậu ta cũng là mục tiêu trả thù của Avolio, người có gia đình đã bị giết hại. Để thực hiện việc trả thù của mình, Avolio sẽ giết bạn của mình (thực ra là thằng bạn hờ thôi)
Câu chuyện xoay quanh Makoto Majima, con trai của một người bán hoa quả địa phương, được biết đến với biệt danh “Người gỡ rối của Ikebukuro.” Anh giúp mọi người, từ bạn bè đến những người khó khăn trên đường phố địa phương trong việc giải quyết các sự cố khác nhau.