Bối cảnh câu chuyện vào năm 331 theo Lịch Quỹ Đạo, khi con người du canh du cư trên các Colony trong vũ trụ. Một cô gái tên Akiha Shishidou đã gặp phải một trí thông minh nhân tạo trong một Colony tên là Leopard.Cùng với Akiha còn có một cảnh sát liên Thuộc địa tên Itsuki Kannagi, một cô gái trầm lặng tên Honoka Kawai, và imo-chan một robot của nhà Shishidou.
Thanh niên nhân vật chính đang sống yên ổn cùng với người chị và dân làng. Đùng cái một đám Goblin tấn công làng với khẩu hiệu Diệt trai hiếp gái, dĩ nhiên thằng main núp trốn nhìn chị nó bị hành hạ. Sau này thù quá hóa hận luyện Quỳ Hoa Bảo Điển lên và mỗi hành Goblin đến mức có luôn nick name vô cùng ngầu là Kẻ thảo phạt Goblin.
Trong cốt truyện gốc của game, một idol ảo sử dụng những bài hát mà người dùng nhập vào đã có được nhận thức qua sự ảnh hưởng của cảm xúc và sự bất mãn với hiện thực của người dùng. Mong muốn cứu lấy loài người - cô tin rằng họ luôn đau khổ - cô sử dụng những bài hát để dụ mọi người vào thế giới ảo có tên là Mobius
Một đêm nọ, một vật lạ rơi vào đầu của Nitta, một thành viên của yakuza. Trong chiếc hộp là một bé gái lạ lùng tên là Hina. Em có một sức mạnh siêu nhiên kinh hoàng, và Nitta cảm thấy mình bị miễn cưỡng chăm sóc cho cô bé. Sức mạnh của em sẽ giúp trong công việc yakuza của anh
Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.