câu chuyện xảy ra trong một trại hè, 15 trẻ em, 8 nam và 7 nữ, tìm thấy một hang động biển. Sâu thẳm trong họ phát hiện ra máy tính làm việc và một số thiết bị điện tử, và sau đó là chủ sở hữu, một người đàn ông được gọi là Kokopelli.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Câu chuyện lấy bối cảnh trong một thế giới thống trị bởi thần linh và quái vật, nơi con người bị hãm ép và phải lui vào đường tuyệt diệt. Trong một khu rừng của golem, người cai quản khu rừng và một cô gái loài người nhỏ bé đã gặp nhau. Và chuyến phiêu lưu của người cha nuôi cùng cô con gái của mình đã bắt đầu như thế.
Bối cảnh câu chuyện vào năm 331 theo Lịch Quỹ Đạo, khi con người du canh du cư trên các Colony trong vũ trụ. Một cô gái tên Akiha Shishidou đã gặp phải một trí thông minh nhân tạo trong một Colony tên là Leopard.Cùng với Akiha còn có một cảnh sát liên Thuộc địa tên Itsuki Kannagi, một cô gái trầm lặng tên Honoka Kawai, và imo-chan một robot của nhà Shishidou.
Câu chuyện kể về Train Heartnet, một sát thủ trứ danh với biệt danh Mèo Đen. Train Heartnet được biết đến như một kẻ khủng khiếp nhất trong giới tội phạm quốc tế, được coi là thần chết, không có kẻ nào là nạn nhân của cậu mà còn sống sót. Cậu luôn mang trong người một khẩu súng lục đen cũng có tên là thần chết (Hades - thần cai quản địa ngục), được kí hiệu XIII (thành viên thứ XIII của tổ chức Chronos). Để chứng tỏ điều đó, cậu đã xăm dấu XIII nơi gần cổ của mình (kí hiệu ấy giống như khẩu súng