Sau sự sụp đổ của tổ chức Museum, tuy việc sản xuất và phân phối Gaia Memory, thiết bị cho người sử dụng khả năng biến thành quái vật với sức mạnh to lớn, đã bị ngưng lại. Dù thế nhưng các Gaia Memory còn sót lại vẫn được bán tại chợ đen và tiếp tục gây ra những hiện tượng kì lạ cho thành phố Fuuto.
Bem, bela và Belo là những yêu quái hình người xấu xí, những người đấu tranh cho công lý. Họ sống giữa loài người và bảo vệ họ khỏi yêu quái. Cả ba thấy mình bị tẩy chay từ cả con người và yêu quái khác, nhưng cả ba tiếp tục chiến đấu với hy vọng một ngày nào đó sẽ trở thành chính con người.
Tiền kiếp và hiện tại hòa lẫn vào nhau, chàng trai với hai kí ức của hai kiếp người đứng lên chống lại định mệnh. Thuở thơ ấu, Rio đã sớm trở thành trẻ mồ côi do mẹ bị giết, cậu phải kiến cường sống sót trong khu ổ chuột.
Sau khi phát hiện ra được sự tồn tại của quỷ ở Tokyo, đội Cybord dẫn đầu bởi Tiến Sĩ Gilmore có mâu thuẫn với Devilman, một con quỷ hùng mạnh bắt tay với một tổ chức buôn bán vũ khí công nghê cao Black Ghost để tạo ra một siêu người máy.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.