Câu chuyện của anime diễn ra tại một thị trấn nông thôn bí ẩn, nơi xảy ra những sự kiện kỳ lạ. Shizuru Chikura, một cô gái trẻ, đang tìm kiếm người bạn mất tích của mình.
Câu chuyện diễn ra trong tương lai, khi thế giới đang bị những sinh vật làm ô nhiễm “pollutant” đẩy loài người vào một thành phố di động mang tên Regios. Lei-Fon Alseif, một học sinh năm 1 phổ thông, đã miễn cưỡng tham gia vào đơn vị nghiên cứu võ thuật 17 do một sinh viên năm cuối Nina Antouku dẫn đầu chống lại những “Pollutant Beasts”
Câu chuyện kể về cuộc phiêu lưu của người Do Thái hình con thỏ, người bạn tốt nhất của cô, Airi Kirara và những người Do Thái khác trong sứ mạng của họ để khôi phục Lâu đài Jewel, đã rơi từ bầu trời xuống giữa thành phố vì thiếu nhân loại niềm tin vào ma thuật. Để khôi phục niềm tin của mọi người vào ma thuật, Jewelpets biến thành con người để nghiên cứu thêm về chúng.
Kindaichi có dáng vẻ của một cậu bé trung học lười biếng, ham chơi, luôn ngủ gật trong lớp, không khi nào làm bài tập. Chỉ có cô bạn gái thanh mai trúc mã Miyuki mới nhận định cậu là một thiên tài. Cùng với sự ủng hộ, tin tưởng của Miyuki, cậu đã giải quyết các vụ án ly kỳ xảy ra ở xung quanh.
Được diễn ra trong tương lai ,phần lớn những người sử dụng ” đồ chơi ” mang đến cho họ những khả năng siêu phàm như ESP và Telekinesis. Điều này đã dẫn đến sự gia tăng tội phạm vì ai củng có được những khả năng này.Nhu cầu sử dụng đồ chơi thám tử để theo dõi tội phạm và đưa chúng ra trước công lý ngày càng lớn mạnh hơn.