Câu truyện xoay quanh Nanase Haruka, một chàng trai luôn thích được ngâm mình và bơi trong dòng nước. Trước khi học hết Tiểu Học, anh tham gia một giải bơi cùng những người bạn trong CLB bơi của mình, Tachibana Makoto, Hazuki Nagisa, và Matsuoka Rin.
Kano Kyosuke đã từng sống dưới bóng của Seisuke, người anh trai thành công của cậu ấy, trong bóng đá. Chán nản cậu trở về Nhật bản và lèm quen với những người bạn mới, rồi dần tìm lại được niềm vui trong bóng đá.
Một thời đại mà vô số các tập đoàn đã xâm nhập vào không gian và xây dựng một hệ thống kinh tế khổng lồ. Một cô gái đơn độc từ hành tinh xa xôi Mercury chuyển đến Trường Công nghệ Asticassia, được điều hành bởi Tập đoàn Beneritt, công ty thống trị ngành công nghiệp đồ di động.
Trong số những người ở xung quanh chúng ta như thủ lĩnh, nhà khởi nghiệp, siêu sao nổi tiếng, thần đồng... - có những người không cần phải mất nhiều công sức nhưng vẫn thành công, họ được gọi là thiên tài. Nhưng những thiên tài này đều có một điểm chung, họ đều sở hữu một "thứ gì đó", một bí mật mà họ không thể nói cho những người bình thường biết.
Captain Tsubasa là một câu chuyện đầy nhiệt huyết về cậu bé tiểu học, người luôn có những ước mơ và suy nghĩ liên quan tới tình yêu bóng đá.