Anime Halo có cốt truyện xoay quanh vị chỉ huy kiệt xuất - anh hùng Master Chief (một chiến binh đã được cải tiến gien nhờ khoa học công nghệ giúp anh có thể sử dụng mọi vũ khí tối tân và đủ trí lực đánh bại kẻ thù ngoài hành tinh Covenants) cùng các đồng đội trong tiểu đoàn thiện chiến SPARTAN, đại diện cho khối liên minh UNSC chống lại thế lực của tộc người ngoài hành tinh Covenants hung bạo
Alto Goldfield, học sinh tại một học viện phép thuật, người mong muốn trở thành bậc thầy của mọi phép thuật. Tuy nhiên, khi anh ta sắp rớt môn học phép thuật triệu hồi và có nguy cơ học lại một năm nữa thì anh đã tìm thấy một cuốn ma thuật triệu hồi cổ
Trong cốt truyện gốc của game, một idol ảo sử dụng những bài hát mà người dùng nhập vào đã có được nhận thức qua sự ảnh hưởng của cảm xúc và sự bất mãn với hiện thực của người dùng. Mong muốn cứu lấy loài người - cô tin rằng họ luôn đau khổ - cô sử dụng những bài hát để dụ mọi người vào thế giới ảo có tên là Mobius
Emma cùng các bạn của mình đang tận hưởng những ngày tháng hạnh phúc ở trại trẻ mồ côi với chỗ ở ấm cúng, thức ăn ngon, những khoảnh khắc cùng nhau vui đùa, những bài kiểm tra khó nhằn và người mẹ (bảo mẫu) dịu dàng. Tuy nhiên, vào 1 đêm nọ, bí mật kinh hoàng đằng sau cuộc sống màu hồng ấy được Emma khám phá ra
Vào năm 1973, cuộc xâm lược ngoài hành tinh của đội quân BETA đã đưa nền văn minh của loài người đến bờ vực của sự diệt vong.Để đối phó với lực lượng hùng hậu của kẻ địch, loài người đã tạo ra một loại vũ khí khổng lồ mang dáng dấp con người, có tên gọi là Tactical Surface Fighters (TSF) và triển khai tuyến phòng thủ trên toàn thế giới. Vào năm 2001, Đế quốc Nhật Bản phải đối mặt với những khó khăn trong việc phát triển các TSF thế hệ mới, vì phần lớn các TSF đang phòng thủ cho tiền tuyến vùng