Shinrei Tantei Yakumo kể về cậu nam sinh tên Saitou Yakumo, cậu không phải là một con người bình thường, khi sinh ra cậu đã mang 2 màu mắt khác nhau. Vậy điều này khiến cho cậu có gì đặc biệt hơn người? Người ta đồn rằng đó chính là khả năng nhìn thấy những hồn ma còn vương vấn trên cõi trần chưa thể siêu thoát. Một ngày nọ, Ozawa Haruka đến tìm cậu để nhờ giúp đỡ về một vụ án.
câu chuyện về những chiến binh Sengoku được mô tả dưới hình thức là những loài sinh vật thú vị.Họ đã chiến đấu dưới một thời cuộc oanh liệt, đã mang đến những thắng lợi vẻ vang cho lịch sử của dân tộc song họ không quên những giây phút tìm kiếm cho bản thân những niềm vui,để nâng tinh thần bản thân cũng như đồng đội.
Vào một mùa đông, khi còn đang học năm thứ 2 ở trường cấp 3, Yuuichi phải nằm viện vì bị viêm gan. Cậu ta suốt ngày bị chị y tá phạt vì tội hay trốn viện ra ngoài. Một ngày kia, cậu vô tình gặp Rika, một cô bạn bằng tuổi ở khu nhà bên cạnh. Cô bé ấy rất xinh xắn và đã hút hồn của Yuuichi ngay tức thì, nhưng đó lại là một cô bé rất ích kỉ. Dù cho có bị Rika sai khiến thế nào đi nữa thì Yuuichi vẫn gắn bó với cô bé ấy. Và rồi khi mà Rika kể cho cậu nghe về bệnh tình của mình thì cậu hiểu ra
Mệt mỏi vì viết câu đố cho trẻ em, Yamaoka Momosuke lên kế hoạch thu thập những câu chuyện ma quái và khủng khiếp và xuất bản chúng trong một tuyển tập có tên Hyakumonogatari (Một trăm câu chuyện). Trong khi nghiên cứu những huyền thoại và truyền thuyết cũ này, anh tình cờ gặp một bộ ba bí ẩn tự gọi mình là Ongyou. Họ là những thám tử đang điều tra các truyền thuyết để tiết lộ sự thật của họ
The story is set 10 years after Basilisk: Kouga Ninpou Chou in 1626. Câu chuyện xảy ra 10 năm sau bộ Basilisk: Kouga Ninpou Chou năm 1626