Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Kỷ nguyên Holy Genesis . Năm 0011. Sau thảm họa Great Catatrophe dân số nhân loại đã mất đi 2/3. Lúc này chủng tộc Shadown Angel đã tỉnh giấc sau giấc ngủ dài 12000 năm và tấn công con ngườiĐể chống lại nó con người đã sử dụng sức mạnh của Mechanical Angel AquarionQuyết định số phận của thế giới giờ nằm trong tay của
Bối cảnh câu chuyện là nước Anh thế kỷ 19 và trung tâm là Lydia với cái tên “fairy doctor”. Cuộc sống của cô xoay 180 độ khi cô gặp một Bá tước Hiệp sĩ xanh huyền thoại tên Edgar và người hầu của anh. Anh ta đã thuê cô làm cố vấn trong cuộc truy tìm để giành lại thanh gươm báu được lưu truyền trong dòng họ minh.
Nhân vật chính Kiba là Zed, 1 cậu bé 15 tuổi sống tại nơi được gọi là "Calm". Cậu ấy cảm nhận được có nơi khác phù hợp với cậu hơn. Và vào 1 ngày nọ, cậu được 1 làn gió bí ẩn đưa vào thế giới khác, nơi mà các pháp sư gọi là "Ngọc Sư" triệu hồi các Tinh Linh để chiến đấu.
Một cuộc đại chiến đã nổ ra trong nhiều năm giữa phe Empire và phe Nebulis, thuở là vương quốc của những nữ pháp sư- cho đến khi các hiệp sĩ trẻ tuổi nhận được danh hiệu mạnh nhất từ phe Empire để gặp gỡ công chúa của phe đối thủ